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A esta ciudad colonial se le conoce como "la ciudad de las tres culturas", por el sincretismo entre lo maya, lo español y lo contemporáneo. Su nombre se debe a Zamná, "Rocío del Cielo", legendario personaje, jefe, filósofo y gran sacerdote del dios Itzamatul; de singular sabiduría y origen mítico considerado como instructor y maestro de los mayas, fundador de Itzmal en el siglo V.

Izamal puede considerarse la ciudad más antigua de los mayas, poblada por grupos itzaes provenientes del oriente y cuya denominación Itzaml la toma del nombre del dios Itzam Na, allí adorado. Era uno de los sitios más importantes de la Civilización Maya. 

También conocida como "la ciudad de los cerros" por poseer en su territorio vestigios arqueológicos entre los que destacan 6 pirámides mayas. Cinco enormes estructuras precolombinas. La primera,  es una gran pirámide dedicada a una deidad solar Maya, Kinich Kak Mo,  la de mayor volumen del mundo maya en México y la tercera precolombina en el país. Un total de 163 estructuras arqueológicas han sido trazadas en un mapa dentro del área urbana de la ciudad contemporánea y se han registrado miles de unidades residenciales en una serie de comunidades prehispánicas situadas en los alrededores. Así mismo, se han detectado cientos de sitios que compartían los mismos rasgos arquitectónicos de Izamal en toda la región que históricamente se llamó Ah Kin Chel.

La ciudad permaneció ocupada hasta la Conquista. Fue parcialmente abandonada desde el surgimiento del estado en Chichen Itzá durante el Clásico Terminal (800 a 1000) hasta el final de la época prehispánica, cuando Izamal era considerado como uno de los principales sitios de peregrinación en la región. 

Fue a mediados del siglo XVI cuando se convirtió en una población colonial construida sobre los vestigios de la antigua ciudad maya; su construcción más importante, su  Conjunto Conventual de Nuestra Señora de Izamal, fundado en 1549.  El convento recibió el nombre de San Antonio de Padua.  Fue el convento más grande de América a comienzos del siglo XVI; el atrio del monasterio es el segundo más grande del mundo, sólo por detrás de la Plaza de San Pedro, en el Vaticano. La mayor parte de la piedra de corte de la ciudad precolombina fue reutilizada para construir el convento y las viviendas coloniales. En 1993 fue pintado de amarillo ocre al igual que todo el centro de la ciudad con motivo de la visita del Papa Juan Pablo II, una estatua en el atrio recuerda la histórica visita.

La ciudad fue escenario de la Guerra de Castas de Yucatán, y fue tomado por José Venancio Pec, el 21 de febrero de 1848. Se dice que a la llegada de los rebeldes a Izamal, este había sido abandonado en su totalidad. 

Izamal sigue siendo un lugar de peregrinación en Yucatán, ya que la imagen que preside el retablo mayor del templo del convento - Nuestra Señora de Izamal - es muy venerada por los yucatecos y ha sido proclamada Reina de Yucatán. Dicha imagen fue llevada a Izamal desde Guatemala por órdenes de Fray Diego de Landa. Por ser la escultura en realidad una imagen de la Inmaculada Concepción se le festeja el 8 de diciembre con una gran fiesta popular.